La catégorie des micro-organismes regroupe des virus, bactéries, champignons et moisissures, spores, levures, protozoaires, pollens, etc. Un micro-organisme peut être en suspension dans l'air ou fixé sur tout type de support mobile ou non, que ce soit les parties d'un bâtiment, le sol ou des objets. Les micro-organismes qui représentent une menace pour les objets de musée sont principalement les champignons et les bactéries.
Les champignons microscopiques sont omniprésents dans l'environnement, aussi bien à l'extérieur qu'à l'intérieur des bâtiments mais ils nécessitent, pour croître et se propager, une source de nourriture organique, une température adéquate (à partir de 20° C), une humidité relative élevée (supérieure à 60-65%) pendant plusieurs jours et une absence de ventilation. Les endroits isolés comme les greniers, les réserves, les caisses non isolées ou encore les zones de contact entre les objets empilés ou très serrés leur conviennent parfaitement. Une fois installées, les moisissures peuvent supporter des températures allant de – 10°C à + 110°C et un milieu acide. La plupart des spores microscopiques sont également imperméables. Par contre, la sécheresse (excepté pour certaines spores résistantes à la dessiccation), les rayons ultraviolets (UV) ou l’insuffisance de matières organiques leur sont défavorables. Lorsque la survie des moisissures n'est plus certaine, les champignons sporulent, autrement dit, ils émettent des spores, minuscules particules comparables à des graines, qui vont se disperser (en collant aux doigts, aux vêtements, voyageant avec les courants d'air, etc.), contaminer d'autres espaces et se transformer à nouveau en moisissure, terme utilisé communément pour décrire le développement duveteux à la surface des matériaux attaqués.
Les champignons digèrent les matériaux sur lesquels ils se développent (cuir, laine, bois, fourrure, adhésifs, tissus, émulsions photographiques, papier, certains vernis et pigments…) et les dégradent tandis que les enzymes contenus dans les bactéries affectent les matériaux en les fragilisant. Dans certaines conditions climatiques, les moisissures peuvent se développer sur des matériaux inorganiques recouverts de poussière ou de déchets organiques. Les moisissures peuvent également causer différentes maladies et allergies chez les êtres humains, autrement dit toutes les personnes en contact avec les objets infestés. Les cycles de multiplication nombreux et rapides requièrent un dépistage efficace. Bien connaître les moisissures, leurs besoins et leurs modes de survie est la façon la plus efficace de les contrôler.
